Всё началось сто лет назад, когда обнаружился куб. Куб хранил в себе тайну темного пророчества древней цивилизации, а так же знание о том, как нужно использовать "кристалл Бога", материал наделенный силой, которую часто называют "Чистой силой". Благодаря этой самой "Чистой силе" создатели куба смогли победить Тысячелетнего Графа и его прислужников демонов.
Однако, около 7000 тысяч лет назад, Ноев потоп, как и сказано в старом Завете, положил конец старому миру. Зародился новый мир. События происходят в XIX(девятнадцатом) веке. В мире, разрушенном Великим потопом, двенадцать апостолов стали прародителями человечества, поэтому каждый человек несёт в себе гены Ноев, а так же память об истинном имени и своём долге – защите Тысячелетнего Графа. На протяжении многих тысячелетий апостолы вновь и вновь возрождались в своих потомках для того, чтобы помочь ему в битве с носителями Чистой Силы. Граф снова вернулся в этот мир. И был настроен более решительно, чем раньше. В Японии, город Эдо (в будущем станет Токио) он создал фабрику по производству Акум (созданы из машины, души и человеческого отчаяния, которые обладают вирусом акумы, который смертелен для человека), так же собственноручно приходит к простым людям, которых настигло горе и отчаяние после смерти близкого человека и предлагает вернуть их обратно - всего лишь призвать его душу обратно с небес. Но вместо этого, душа, подчинившись Графу, убивает того кто ее призвал и забирает его тело, к тому же становясь очередным акумой.
Чтобы не повторить печальный опыт "трехдневного потопа", экзорцисты, люди владеющие "Чистой силой", до сих пор сражаются с Тысячелетним графом.